В вашей ситуации следует отметить правомерность действий сотрудников миграционной службы. Они не вправе принимать фото, на которых граждане изображены в очках с тонированными линзами. Данный тип очков скрывает взгляд человека, что значительно усложняет идентификацию конкретной персоны. Если у вас еще остались сомнения в верности данной ситуации займитесь изучением требований к фотографиям на паспорт РФ, которые опубликованы на ресурсе миграционного органа. Также вы можете ознакомиться с документацией в офисе государственной инстанции или воспользоваться сервисами правовых систем.